Die Donaumoos-Ach beherbergt eine der größten Bachmuschelpopulationen (lat. Unio crassus) in Bayern. Die Bachmuschel ist auf den Roten Listen von Bayern und Deutschland in der Kategorie 1 als „vom Aussterben bedroht“ eingestuft und verdient deshalb besonderen Schutz. Hierzu werden an geeigneten Gräben Sandfänge angelegt, um die Donaumoos-Ach vor Sand- und Schlammablagerungen zu schützen und den Erhaltungszustand der geschützten Bachmuscheln zu verbessern. Auf den dabei entstehenden Inselflächen zwischen den Gräben und dem Sandfang bilden sich zudem wertvolle Feuchtbiotope und artenreiche Röhrichtvegetationen.

Zum Schutz und zur Förderung von Wiesenbrütern werden zweckverbandseigene Flächen wiedervernässt, Seigen und zeitweise wasserführende Mulden angelegt und die Wiesen nach den Vorgaben des Vertragsnatuschutzprogramms bewirtschaftet. So können ideale Lebensbedingungen für Kiebitz, Wiesenpieper, Braunkehlchen, Blaukehlchen, Wachtelkönig und Großer Brachvogel geschaffen werden. Schwerpunkte der Wiesenbrüterkulisse sind die Schutzgebiete bei Obermaxfeld, Untermaxfeld und Rohrenfels sowie bei Ehekirchen und Berg im Gau.

Die extensive Beweidung von Grünland leistet einen hohen Beitrag zum Schutz von Artenvielfalt, Wasser, Boden und Klima. Vor allem ganzjährig beweidete Flächen zeichnen sich durch eine hohe Vielfalt an Lebensbedingungen für Flora und Fauna aus. Gleichzeitig schützt eine Beweidung in Überschwemmungsgebieten wie in Rückhalteräumen und grundwassernahen Standorten vor dem Eintrag von Dünger und Pflanzenschutzmitteln ins Grundwasser. Neben einer Belebung des Landschaftsbilds stellt die extensive Weidetierhaltung somit der Gesellschaft zahlreiche öffentliche Güter kostengünstig zur Verfügung.

Neben Grünlandflächen besitzt der Donaumoos-Zweckverband auch Ackerflächen, die zur ökologischen Aufwertung entweder in Grünland umgewandelt oder zwischenzeitlich mit Blühmischungen angesät werden, um sie als Tauschflächen vorzuhalten. Mit diesen Blühflächen werden wertvolle Nahrungsquellen für Wildbienen, Honigbienen, Schmetterlinge und andere blütenbesuchende Insekten geschaffen. Bleiben die Stauden im Winter stehen, so dienen sie den Wildbienen zudem als Unterschlupf und bieten Vögeln im Herbst und Winter eine wichtige Nahrungsquelle.

Seit 2014 engagiert sich der Donaumoos-Zweckverband auch für die Nachzucht und Auswilderung von Birkwild (lat. Tetrao tetrix) an der Umweltbildungsstätte Haus im Moos. Das Birkwild war in der Region noch bis in die 1950er-Jahre hinein heimisch und ist heute in Bayern als „vom Aussterben bedroht“ eingestuft.

Durch die vom Donaumoos-Zweckverband, Gemeinden, Verbänden und Landwirten im Donaumoos umgesetzten Gestaltungsmaßnahmen entstehen abwechslungsreiche Landschaftsstrukturen im Donaumoos. 

Das Birkhuhn benötigt im Jahresverlauf unterschiedlich strukturierte Bereiche, die alle in unmittelbarer Nähe zueinander liegen sollten. So werden an Balz-, Brut-, Aufzucht- und Nahrungshabitate unterschiedliche Anforderungen gestellt. Moorrandwald, Pioniergehölze, Brachflächen, Staudenfluren, Zwergstrauchheiden, Feuchtwiesen und Mähwiesen stellen mit ihren jeweiligen Strukturen die Hauptlebensräume des Birkwilds dar. 

Das Birkhuhn gilt vielfach als Charaktervogel halboffener Moorlandschaften. Die erfolgreiche Zucht und Bemühungen zur Wiederansiedlung können das Birkhuhn als bedrohte Tierart zum Sympathieträger für die Gestaltung, Erhaltung und naturnahe Nutzung einer typischen Niedermoorlandschaft werden lassen.