Im Jahr 2001 entstand der Rückhalteraum Seeanger im Gebiet der Marktgemeinde Pöttmes. Auf einer Fläche von rund 17 Hektar können hier bis zu 130.000 Kubikmeter Wasser der Donaumoos-Ach zurückgehalten werden. 

Gemäß Planfeststellungsbescheid ist das Rückhaltebecken auf ein zehnjährliches Hochwasser ausgelegt. Dies entspricht einem Abfluss in der Donaumoos-Ach von 3,5 Kubikmeter pro Sekunde. Sobald also der Pegel der Ach einen bestimmten Schwellenwert erreicht, fließt Wasser über eine Flutmulde in den Seeanger. Da es sich um ein ungesteuertes Rückhaltebecken handelt, wird bereits in der Einstauphase Wasser über den Ablauf ausgeleitet. Bei Vollstau betrug der Ablauf ursprünglich  500 Liter pro Sekunde. Um den Abfluss des Wassers zu verlangsamen, wurde jedoch nachträglich eine Drosselvorrichtung eingebaut, welche den Abfluss auf maximal 410 Liter pro Sekunde reduziert. Auch der Einlauf wurde nach einem Hochwasserereignis im Jahr 2002 modifiziert, so dass aktuell bereits bei einem Abfluss von 2,1 Kubikmeter pro Sekunde das Rückhaltebecken geflutet wird. Dies entspricht in etwa einem jährlichen Hochwasserereignis.

Zum Schutz des Moorkörpers und zur Schaffung eines Feuchtbiotops wird zudem über einen Bypass kontinuierlich eine definierte Wassermenge aus der Donaumoos-Ach entnommen und in das Rückhaltebecken eingeleitet. Daneben sind in den Entwässerungsgräben, die in das Rückhaltebecken führen, Steinschüttungen zur Anhebung des Wasserstands eingebracht.

Der Rückhalteraum wird derzeit mit Galloway-Rindern beweidet.

Bei Hollenbach wurde im Jahre 2006 der Rückhalteraum „BF 2" am Baierner Fleckengraben verwirklicht. Dieser hat bei einer Ausdehnung von rund 40 Hektar ein Fassungsvermögen von bis zu 300.000 Kubikmetern. 

Durch die Einleitung eines Entwässerungsgrabens in den Rückhalteraum werden Teilbereiche dauerhaft vernässt. Neben dem Schutz des Moorkörpers wird in dem großflächigen Feuchtbiotop hierdurch die Ansiedelung niedermoortypischer Pflanzen- und Tiergesellschaften ermöglicht.

Die Flächen des Rückhalteraumes werden im Sommerhalbjahr mit Murnau-Werdenfelser-Rindern beweidet.

2009 ist der Hochwasserrückhalteraum "Sandizell" nördlich des Ortes Sandizell fertiggestellt worden. Im zehnjährlichen Hochwasserfall werden hier rund 100.000 Kubikmeter Wasser aus dem Einzugsgebiet des Sandizeller Baches zurückgehalten.  In diesem Bereich wurden die beiden Rückhalteräume "SZ1" und "SZ2" aus dem Entwicklungskonzept in einem Rückhalteraum zusammengefasst.

Auf den rund 20 Hektar Grünlandflächen des Rückhalteraumes weiden ganzjährig "Auerochsen" (=Heckrinder) der Familie Gräfe aus Ehekirchen (www.auerochsen-im-donaumoos.de).

Der Hochwasserrückhalteraum "KA 1" bei Karlskron ist im Jahr 2011 errichtet worden. Er fasst ein Volumen von 36.000 Kubikmetern.

Der 6,5 Hektar große Rückhalteraum am Schreinergraben südlich der Karlskroner Kerngemeinde wird im Sommerhalbjahr mit Schafen beweidet und dient mit seinen Biotopstrukturen zahlreichen Vogelarten als Brut- und Nahrungshabitat.

Im Zuge des Flurneuordnungsverfahrens "Pobenhausen II" konnte der Donaumoos-Zweckverband ein Grundstück am Hauptkanal bei Hohenried erwerben. Hier wurden auf zwei Hektar rund 10.000 Kubikmeter an Abgrabungen vorgenommen, die der Hochwasserretention dienen und zugleich ein wertvolles Feuchtbiotop entstehen ließen. Im Gegensatz zu den anderen Rückhalteräumen handelt es sich hier um einen natürlichen Hochwasserrückhalt, also ohne Ausleitungsbauwerke und Dämme.

In Karlshuld wird derzeit der Rückhalteraum "KH1" mit einem Volumen von rund 200.000 Kubikmetern durch Kiesabbau umgesetzt. Der Kartenausschnitt zeigt die Planung des zu realiserenden Rückhaltebeckens nach Abschluss des Bauvorhabens.